Examples of buildFromViennaFormat()

Examples of bgu.bio.adt.rna.RNASpecificTree.buildFromViennaFormat()

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        { 13, 15 }, { 14 }, { 5 }, { 1 }, { 1, 19 }, { 18, 20 },
        { 19, 21 }, { 20, 22 }, { 21, 23 }, { 22, 24 }, { 23, 25 },
        { 24 } };

    RNASpecificTree tree = new RNASpecificTree();
    tree.buildFromViennaFormat(
        "CGACAGGAAACUGACAAACCCUUUCAUCUUAAAUAUAUGGGCGAUAUAU"
            .toCharArray(),
        "...((((...))...(((...)))..))....((((((.....))))))"
            .toCharArray());
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        { 55, 57 }, { 56, 58 }, { 57 }, { 49 }, { 49, 61 }, { 60, 62 },
        { 61, 63 }, { 62, 64 }, { 63, 65 }, { 64 }, { 49 }, { 42 },
        { 8 } };

    RNASpecificTree tree = new RNASpecificTree();
    tree.buildFromViennaFormat(
        "aaaaaaAAAgggggggAAaaaaaAAAuuuuuAAuuuuAAAaaAaaAAccccAcccAAAAAAgggAAAgggggAAccccccAAAggggggAAaaaaAAAAAuuuuAAcccccAAAcccAAAAuuuuuu"
            .toCharArray(),
        "((((((...(((((((..(((((...)))))..((((...)).))..)))).)))......(((...(((((..((((((...))))))..((((.....))))..)))))...)))....))))))"
            .toCharArray());
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  @Test
  public void testShuffle1() {
    System.out.println("Test Shuffle");
    RNASpecificTree tree1 = new RNASpecificTree();
    tree1.buildFromViennaFormat(
        "aaaaaaAAAgggggggAAaaaaaAAAuuuuuAAuuuuAAAaaAaaAAccccAcccAAAAAAgggAAAgggggAAccccccAAAggggggAAaaaaAAAAAuuuuAAcccccAAAcccAAAAuuuuuu"
            .toCharArray(),
        "((((((...(((((((..(((((...)))))..((((...)).))..)))).)))......(((...(((((..((((((...))))))..((((.....))))..)))))...)))....))))))"
            .toCharArray());
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            .toCharArray(),
        "((((((...(((((((..(((((...)))))..((((...)).))..)))).)))......(((...(((((..((((((...))))))..((((.....))))..)))))...)))....))))))"
            .toCharArray());

    RNASpecificTree tree2 = new RNASpecificTree();
    tree2.buildFromViennaFormat(
        "aaaaaaAAAgggggggAAaaaaaAAAuuuuuAAuuuuAAAaaAaaAAccccAcccAAAAAAgggAAAgggggAAccccccAAAggggggAAaaaaAAAAAuuuuAAcccccAAAcccAAAAuuuuuu"
            .toCharArray(),
        "((((((...(((((((..(((((...)))))..((((...)).))..)))).)))......(((...(((((..((((((...))))))..((((.....))))..)))))...)))....))))))"
            .toCharArray());
    tree2.shuffle();
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    RNASpecificTree tree = new RNASpecificTree();
    char[] sequence = "GGGGCAGAGAACCUAAGCCGUCUGGUGGAUGGCUCGGCUCGGGGCGCCGACGAAGGGCGUGGCAAGCUGCGAUAAGCCCCGGCGAGGCGCAGGCAGCCGUCGAACCGGGGAUUCCCGAAUGGGACCUCCCGCGGCUUUUGCCGCACUCCCAGUCGGGAGGGGGAACGCGGGGAAUUGAAACAUCUUAGUACCCGCAGGAAAAGAAAGCAAAAGCGAUGCCGUUAGUAGGGGCGACCGAAAGCGGCACAGGGCAAACUGAACCCUCCGGGGAAACCCGGAGGGGAUGUGGUGUAGUAGGGCCCUGCACUGGAGCCUCGAGGGUGAAGCCGAAGUCCGCUGGAACGCGGCGCCGUAGAGGGUGAAAGCCCCGUAGGCGUAAGCCCUCAGGCUCCUGCAGGGUUCCUGAGUACCGUCGGUCGGAUAUCCGGCGGGAAGCUGGGAGGCAUCGGCUCCCAACCCUAAAUACGUCCCGAGACCGAUAGCGAACUAGUACCGUGAGGGAAAGCUGAAAAGCACCCCUGGCAGGGGGUGAAAAGAGCCUGAAACCAGACGGCGAUAGGUGGGUGCGGCCCGAAAGGGUUGACCCUCCCCGAAGGAAACACGGGCGACCGUGGAGUACGAGGGGAGGCGACCGGGGUUGCACCGUCCGUCUUGGAUCACGGGGCAGGGAGUUCACGGCCGUGGCGAGGUUAAGGGGGUUAACCCCGAAGCCACAGGGAAACCGACAGGUCCGCAGCCCGUAAGGGUGAGGGACGGGGUGUGAAAGCGCCCGGAGUCACGGCCGUGAGACCCGAAGCCGGUCGAUCUAGCCCGGGGCAGGGUGAAGUCCCUCAACAGAGGGAUGGAGGCCCGAUAGGGGUGCUGACGUGCAAUUCGCUCCCGUGACCCCGGGCUAGGGGUGAAAGGCCAAUCGAGGCCGGCGAUAGCUGGUUCCCGCCGAAUUAUCCCUCAGGAUAGCCCGGCCGGAGGUAGGUGGUGGGGUAGAGCACUGAUUGGGGGUUUAGGGGGAGAAAUCCCCCGGCUCCCUGUCAAACUCCGAACCCACUGCCGCCGUAGAAGGCCGGAGUAGGGUGACGGUGUAAGCCGUCAACCGAGAGGGGAACAACCCAGACCGGGGUUAAGGCCCCUAAAUGCCGGCUAAGUGUUACUCCAAAGGGCGUCCCUGGCCUUAGACAGCGGGGAGGUAGGCUUAGAAGCAGCCAUCCUUUAAAGAGUGCGUAACAGCUCACCCGUCGAGGUCAGGGGCCCCGAAAAUGGACGGGGCUUAAGCCGGCUGCCGAGACCCCGGCGCACGGACCGAUUGGUCCGUGAUCGGGUAGGCGGGCGUGCCGGUGGGGUGGAAGCCGGGCCGUAAGGUCCGGUGGACCCGUCGGUAUUGUGGAUCCUGCCGGGAGUAGCAGCAUAGCCGGGUGAGAAUCCCGGCCGCCGAAGGGGCCAGGGUUCCACGGCAAUGUUCAUCAGCCGUGGGUUAGUCGGUCCUAAGCCAGUCCGUAACUCGGCGCUGGCGAAAGGGAAACGGGUUUAUAUUCCCGUACCGCGGUGGUAGGUGCGGCAACGCAAGCCCGAGGGGUGACGCCUCGGGGUAGGCGGACCGGCCCACAAGGCCGGCUAAGCGUAUAAGUCCGGGGAGUGCCGUAAUGGCGAGAACCGGAUGAAAGCGCGAAUGGCCUCCCGUAAGGGGGGUUCCGCCGAUCCCUGGGGCCCGUGAAAAGCCCUCGGGAACGAUCCACCGCGACCGUACCGAGAACCGACACAGGUGCCCCUGGGUGAGAAGCCUAAGGCGUGUCGGGGGAAACCCAGCCGAGGGAACUCGGCAAAUUGGCCCCGUAACUUCGGGAUAAGGGGUGCCUGCGGGUGCGUAACCCGCAGGUCGCAGUGACUCGGGGGACCCGACUGUUUAGUAAAAACACAGGUCCCAGCUAGCCCGAAAGGGUUUGUACUGGGGCCGACGCCUGCCCAGUGCCGGUAUGUGAAGCCCGGGUCCAACCGGGUGAAGCACCGGUAAACGGCGGGGGUAACUAUAACCCUCUUAAGGUAGCGAAAUUCCUUGUCGGUUAAAUGCCGACCUGCAUGAAUGGCGUAACGAGGUCCCCACUGUCCCCGGCUGGGGCCCGGCGAAACCACUGCCAGGCGCAUAUGCCUGGGACCUCCGGUGGGAAGCGAAGACCCCAUGGAGCUUUACUGCAGCCUGCCGUUGCCGUACGGCGGGGGGUGCGCAGCGUAGGCGGGAGGCGUCGAAGCCCGCCUUCCGGGGCGGGUGGAGCCGUCCAUGAGACACCGCCCACCCUCUGCCGUACGGCUAACCCCCGACGGGGGGACAGCGGUAGGUGGGCAGUUUGGCUGGGGCGGCACACCCUCGAAAAGGUAUCGAGGGUGCCCUAAGGUCGGCUCAGGCGGGUCAGGAAUCCGCCGUAGAGUGCAAGGGCAAAAGCCGGCCUGACUGGACCCGUAACAGAGGCGGGUCCAGCCGCGAAAGCGUGGCCUAGCGAACCCCUGUGCCUCCCCGGUGGGGGCCAGGGAUGACAGAAAAGCUACCCUGGGGAUAACAGAGUCGUCUCGGGCGAGAGCCCAUAUCGACCCCGAGGCUUGCUACCUCGCUGUCGGCUCUUCCCAUCCUGGCCCUGCAGCAGGGGCCAAGGGUGGGGGUGUUCACCCAUUAAAGGGGAACGUGAGCUGGGUUUAGACCGUCGUGAGACAGGUCGGAUGCUAUCUACCGGAGGUGUUGGCCGCCUGAGGGGAAGGCUCCCCCAGUACGAGAGGAACAGGGAGCCGCGGCCUCUGGUCUACCGGUUGUCCUACAGGGCACAGCCGGGCAGCUACGCCGUGUCCGAUAAGGCCUGAAAGCAUCUAAGGCCGAAGCGGUCCCCGAAAAUAGGCGGCCACUCCCAGGCGCAGGGGGUCGGGCGACCGGUCCUUUGCCUGGGACGAGGGCUCGGGAAGAAGACCCGUUUGAUGGGGCGGGGAUGUAAGCGGGAAGGGAAACCGACCCGUUCAGUCUGCCGCUCCCAAUCGCCCGAGGUUUCUGCCUC"
        .toCharArray();
    char[] structrue = "(((((((((......((((((((((.....(((..(((((((((((.......(((((((........))).....((((((...(((.......)))......))))))...))))...(((....)))(((((....))))).(((((....)))))......((((((.....((....))......))))).).........((....))...(((((.....((.....))....)))))..((((....(((..(((((((((....)))))))))....))).......((((((((((..(((((((.((((((...(((...(.((((......)))))..(...).(((.......)))...)))....)))))))))))))))))))).)))......(((((((........)))))))......(((((.......)))))..)))).....))))))))).))...............((....))....)).........((((.....))))...........).....)))))))))).......((((((((((....((......(((((((...(....(((((....))))).....)..)))))))...)).))))))))))..((((........))))((((((....(((((((((((((..((((..((((.....))))..))))...((....)).....((((...((((....))))...))))..(((((....)))))....)))))))))))))..((.(...((((((...((((((((((((.((((...(((((((....)))))))....))))....((((.((.((........))))))))..).))))))))))).(((.....)))......))))))......).))..((((((....(((((....))))).(((((((...(((.((((((((....(((...((((((((((((..((((((....))))))))))))))))))..)).)....)))))))))))......)))))).)..(((((((((......)))))))))....(((......)))...(((((((...(((......(.((((((................(((.((((((((((.......(((((.(((..(((.........)))..)))(...)(...((......)).).)))))...)))))))))))))...................))))))))))...)))))))((((((((((....))))))))..))....))))))(.((((((((((......((((((((....))))))))...))))))))))..).....))))))...............((((((.......))))))((((....((((..((...((((((...((.....)).))))))......((((((...(((((((((.....))).))))))....))...(((((........)))))..(((((((((((.((((....))))..(((((.((((...(((((((((..((((((((((((.....)))))))...((((....((((((((((((((.....))))))))))))))....)))).....(((((((....))))))).)))))...))))))))).........)))))))))..))).))))))))))))..)).....((......)).)))).((((.......)))).))))...((((.....((((((((((((..............(((((...((....))....)))))((((((((((.....))))))))))(...).......(((((((((..(((.........)))..(((((((((..((((....))))..)..))))))))..((((.(((..(((((((..(((....(((((......)))))....))))))))..)))))((((((.......))))))(...)...............((((((.....))))))..........))))...)).)))))))....)))))))))))).))))............(((((........)))))..((((((((.(((.((......((((.(((((((.((((...(((((((..((((((((((((((((((.........(((((..(((......((((((((....))))))))...)))............)))))))))))))))))))))))...(((((...))))).....)))))))....))))..((((.....))).)((((((...........))))))..((....((((((((.((((((.......))))))...))((......))....))))))....(((((((((.........))))))))).(((....))).))..........(((((.(((((.......)))))))))).........)))))..))))))........(((.((((((((...((.......))...)))))))..))))..........(((((((((((..((.((((((......))))))...)).(((((.....))))).....)))))..)..)))).).....(((((((....))).))))....))..)))))))))))....((((((((..((((..((((((((...............))))))))(((((...(((....((((((((((....)))))..)))))....))).)))))..(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))..((((((((..((((((((((....))))))))))))))))))...(((((((((.......)))))....(((((((((((..(..(((((((((....))))))))))...))).))))).)))...)))).....)))))))))"
        .toCharArray();
    tree.buildFromViennaFormat(sequence, structrue);
    char[][] ans = tree.toViennaFormat();
    Assert.assertArrayEquals(sequence, ans[0]);
    Assert.assertArrayEquals(structrue, ans[1]);
  }
}
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