parser.addStringOption("questions", 'Q');
parser.addStringOption("output", 'O');
parser.addStringOption("threads", 't');
parser.addBooleanOption("active", 'A');
parser.addStringOption("linkfile", 'l');
parser.addBooleanOption("sparse", 'S');
parser.addStringOption("mutation-rate", 'm');
parser.addStringOption("recombination-rate", 'r');
parser.addBooleanOption("no-comparators", 'C');
parser.addStringOption("original", 'o');
parser.addBooleanOption("incomplete-data", 'I');