genome1.attachSequences(fastaFile1.getSequences());
Genome genome2 = new Genome(args[1]);
new ORFFile().readFile(args[1] + ".txt", genome2);
genome2.sortOrfList();
FastaFile fastaFile2 = new FastaFile();
fastaFile2.readFile(args[1] + ".fasta", genome2);
genome2.attachSequences(fastaFile2.getSequences());
BlastParser parser = new BlastParser();
parser.parse(args[0] + "-" + args[1]);
genome1.attachBlastSets(parser.getBlastList(), genome2, true);
genome1.printSNPSummary(genome2);